Handläggaren som har godkänt företagsnamnet tycker uppenbarligen att det finns en särskiljningsförmåga och att det inte finns någon risk för förväxling. Jag antar att det hade varit lite annorlunda om ni inte hade haft med Uppsala i företagsnamnet.
Det är inte allt för ovanligt att företagsnamn med mindre skillnader godkänns. Det går ju till exempel ha verksamhetsord + olika kombinationer av geografiska namn, personnamn, initialer osv i företagsnamnet utan att det finns risk för förväxlingsbarhet samtidigt som företagsnamnen har särskiljningsförmåga.
Det ni kan göra är att ansöka om administrativ hävning av deras företagsnamn då det finns risk för förväxling med erat företagsnamn. Ni skulle dessutom kunna argumentera för att ni har ett inarbetat varumärke i "Kodfabriken" om det inte är registrerat som ett varumärke. Du hittar lite information om en sådan process på Bolagsverkets hemsida:
http://www.bolagsverket.se/ff/foreta.../administrativ