Nu är jag ingen Photoshop-expert men det låter som att du bör lägga dina cirklar i enskilda lager. Lagrerna bör vara lika stora som cirklarna. Sedan kör du align (eller distribute) på lagren. Här finns lite info:
http://helpx.adobe.com/en/photoshop/...ng-layers.html
Själv försöker jag göra liknande grejjer i vektorgrafik så lång som det bara är möjligt.