Standard är att webbsidor indexeras, så om du vill att dina sidor indexeras kan du glömma båda varianterna.
Annars är det som du skriver, det betyder att sökmotorn inte ska följa länkarna på sidan, dock kan ju sidorna indexeras ändå via andra vägar.
Har man inte koll på saker kan det bli som för Cdon och många andra företag:
http://www.aftonbladet.se/minekonomi/article17634127.ab