Ja du, ingen expert själv men här kommer mina synpunkter:
1 - Du bör absolut begära indexering av alla undersajter för sig, länka till huvuddomän och de andra kan du självklart göra med det gynnar inte dig mycket SEO, under sidorna bör länkas till från andra sajter med för att de ska ge kraft utåt mot huvuddomänen och de övriga.
2 - Spammigt, ja, det kan säkert upplevas men om du är sparsam med länkarna in/ut och att de är av en naturlig karaktär så är det ok, "enligt mig"
3 - Varför inte skapa innehåll på exempel.com/exempel2.html istället? de undersidorna kommer rankas bättre med hjälp av exempel.com, se till bara att du ger lite extra kärlek till de nya sajterna med, att intärn länka bakåt till exempel.com från dessa sidor är bra och av en naturlig karaktär
Ta det jag säger med en nypa salt