Först och främst, skall du använda dig av HTML5 Video element för att spela upp dina klipp så måste varje klipp vara tillgänglig i tre olika format, nämligen Ogg Theora, H.264 samt WebM. Flash (flv) är en failback vilket betyder du borde ha klippet i det formatet också kanske.
Det finns ingen magisk lösning som gör att du får dessa i olika format helt gratis, alla jag varit i kontakt med använder sig av ffmpeg eller dylik transcoder mjukvara vilket förutsätter du har minst en burk till transcoding. Jag har dock kunnat hitta några "cloud" tjänster som du kan använda dig av, hur bra de är låter jag vara osagt.
http://zencoder.com
http://www.uencode.com
http://www.zamzar.com