Problemet med MySQL är att databasen inte är trådad per default (till skillnad från te.x Postgresql). Detta betyder att långsamtgående queries blockar alla andra queries, vilket kan ställa till problem.
Jag skulle försökt få MySQL att köras på flera kärnor, på så sätt kan du lastbalansera din applikation. Själv hade jag detta problem för ett projekt. La ner några dagar på att byta över till pg.
Så här såg övergången ut för mig del.
EDIT: Ser även att MySQL endast använder ~4% ram. 50% vore mer rimligt.