[dAEk]

Kan du inte se vilka processer som är aktiva och hur mycket resurser de roffar åt sig? Det borde ge dig en första ledtråd. Nu har du ju ingen aning om det är databasen som är felkonfad, om det är webbservern, koden eller kanske lite av varje.
Såvitt jag vet bygger Joomla mycket på plugins från communityt men de är inte alltid så välskrivna. Har du testat att inaktivera några i taget och se om det blir nån skillnad?

Hade du byggt om allting från grunden eller har samma kod körts på en annan miljö? Det är mycket som inte framgår.