[danjel]

Jag skulle nog låta användarna göra en manuell uppdatering, för att hålla det enkelt,
d.v.s skriva över filer utifrån en installationsdokumentation.
Det är även trevligt om alla filer som berörs av en patch/uppdatering ligger i en mappstruktur som motsvarar applikationens. Tex:
css/module/module_x.css
js/module/module_x.css
php/module/module_x.css

På så vis slipper man leta upp olika filer och göra flera uppladdningar..

Vaf gäller databas ändringar skulle jag ha två filer :
structure.sql
data.sql

Viktigt också att hantera transaktioner om det är större db ändringar.
Personligen skulle jag undvika automatisk backup av filer och db, det känns svårt att verifiera att det funkar om det handlar om stora databaser exempelvis