[pelmered]

Wordpress använder zip-filer för både core, plugins och teman ungefär på det sättet du beskriver.
Nu har jag inte koll på exakt hur det fungerar, men jag tror det fungerar ungefär såhär. Om man är inloggad som admin skickar WP ibland(vet inte hur ofta eller vad som triggar) en request till wordpress.org med information om vilken version man har av core samt alla teman och module som finns i installationen. Wordpress.org jämför sedan versionsnumret(utvecklarna sätter det här versionsnumret själva). Om det finns en nyare versioner(högre versionsnummer) får man en notifiering om detta. Därefter kan man välja att uppdatera och då laddas zip-filerna upp på installationens server via FTP/SFTP. Därefter packas de upp och skriver över de befintliga filerna. Under den här tiden sätts WP i maintenance-läge vilket gör att ingen kan nå sidan förens detta är klart.
Att spara en backup av den gamla versionen tycker jag låter som en mycket bra idé så att man enkelt kan göra en rollback om något skulle gå fel.