[pelmered]

Som någon var inne på tidigare beror det väldigt mycket på om du vill kunna sälja specialanpassningar och/eller sälja licenser så att företag kan hosta sin lösning själva. Vill du bara sälja en standardiserad tjänst med lite enkla moduler eller adons är det förmodligen enklare med en databas.
Men om du vill kunna sälja mer specialanpassade system för vissa kunder kan det vara bra att separera både databas och kodbas.
Se bara till att du har en core-kod som är samma på alla varianter. Den här core-koden bör du sedan versionshantera med exempelvis git så att du kan pusha eller pulla uppdateringar till kundernas core-branches. Ovanpå detta kan du sedan ha submoduler som kan vara helt olika för varje kund.

Skala kan man göra utan problem oavsett lösning som patrikweb sa. Man kan även skala en MySQL databas horisontellt(flera servrar) med ett NDB-cluster även om det bara är en enda databas. Det är inte jättekomplicerat att sätta upp.