Lite halvdan trådstart, men ja, Javascript kan försämra pagerank och hur spindlar går igenom dina sajter, iallafall asynkronisk javascript (bättre känt som AJAX).
Använder du t:ex AJAX för att hämta ny data och presentera utan att webläsaren ska refresha så kommer detta inte indexeras. Har du exempelvis en webshop med produkter som laddas allt eftersom, så läggs inte dessa i "källkoden" (den användaren kan se) och därmed inte indexeras.
Det du kan göra dock är en HTML-snapshot, finns en bra länk här:
https://developers.google.com/webmas...etting-started
Fotnot: Google har kommit ut med att de indexerar AJAX, men till viss grad. Vill du vara säker, och dessutom indexeras i andra sökmotorer så bör du göra en fallback för när Google inte lyckas.