Mitt första tips är att titta på OOP. Chansen att send_mail()-funktionen går att återanvända till ditt nästa projekt utan att skriva om den och få underhålla den i två projekt är liten om den ser ut som nu. Nästa gång vill du ha andra headers, gå direkt mot smtp osv. Sen 5 projekt in märker du att din mail inte alltid kommer in, så du vill logga alla mail som skickas. Då har du 5 ställen att gå in och ändra på. Detta löser en bra OOP-struktur åt dig.
Och det är även det enkla svaret på din fråga. Använd autoloading och lägg dina funktioner i klasser. För en snabb övergång kan du skapa klasser som Mail och bara ha en statisk funktion sendMail() i den. Så fort du försöker anropa Mail::sendMail() så kommer filen med klassen Mail att laddas och du slipper både manuellt inkludera filerna innan anropet och du laddar mer än du behöver (efter du läst på om cohesion och coupling).
Normalt sett brukar man också döpa filerna och därmed klasserna på ett sätt som gör att katalogträdet blir lite lättare att hitta filerna i också, liksom du får förklarande klassnamn. T ex kan du använda _ för att dela in det som t ex Mail_Transport_Smtp som hämtas från include/Mail/Transport/Smtp.php. Eller så lägger du Smtp-klassen i namespacet Vendor-name/Mail/Transport och får ungefär samma sökväg. Titta gärna på standarden PSR-0 om du ska börja använda autoloading (
https://github.com/php-fig/fig-stand...epted/PSR-0.md).