Serverhårdvara spelar ingen roll om MySQL konstant måste läsa från disk. Förmodligen dåliga SQL-frågor och icke-existerande index. Öka även framförallt query_cache (om MyISAM) eller buffer_pool (om InnoDB) också.
Ett annat tips, kasta ut Apache och byt till Nginx:
https://github.com/vladgh/VladGh.com-LEMP