Jag har också hittat ett verktyg, som heter iScanner:
iScanner is a free open source tool lets you detect and remove malicious codes and web page malwares from your website easily and automatically. iScanner will not only show you the infected files in your server but it's also able to clean these files by removing the malware code ONLY from the infected files.
http://iscanner.isecur1ty.org/
Jag har installerat den på min Linuxpartition och jag kan scanna t.ex en mirror av min sajt. I prinicip borde den gå att använda på en lokal mirror av sajten. Efter man desinficerat med iScanner kör man lftp och kommandot mirror -Rv så uppdateras de desinficerade filerna.