Jag får väl svara på min egen fråga
Alla program man själv installerar är tänkta att läggas i /usr/local/ mappen, dock kan man lägga de i /opt ifall de har icke-standard katalogstruktur.
I mysql exemplet ovan innebär det att man sätter prefix till /usr/local, localstatedir bör vara satt till /var så är saken biff.