[Magnus_A]

Kör du mod-php i apache så är php-användaren www-data och då får du hantera filrättigheter därefter.

Med suexec eller fcgi kan du styra vilken användare som php kör som mer i detalj.

rättigheter på skapade filer sätter du i ditt ftp-server, så att en viss användare har en viss hemkatalog som du kan låsa in användaren i, och att uppladdade filer får en viss ägare och umask.
Lösningen heter alltså en speciell ftp-användare för denna speciella katalog.
Antingen styr du det via konfigurationsfiler eller mer avancerat via databas.