[najk]

Kika på att köra php som samma användare som du loggar in med på ftpn istället för webbserverns användare. Finns flera lösningar på det, det vanligaste är nog med hjälp av program som fastcgi eller suPHP.
Webbservern bör inte ha tillgång att skriva någonstans (förutom loggar) enligt mitt tycke.