Nu fanns det mer info
Generellt arbetar vps:en inte speciellt hårt, du har även gott om minne och den verkar inte ha hög io-wait. Men mysql som jobbar eventuellt lite för hårt, installera gärna mtop och se om några sql frågor ligger och tar för lång tid. Själva php-skriptet, har ni programmerat det själva? Har ni rätta index skapade? Vad kör ni för sql-cachning samt använder ni någon opt-kod cache? Val av programvaror verkar var rätt bra, även om det optimala hade varit att ni kört nginx och php-fpm. Men jag skulle även vilja se configen från /etc/apache2/apache2.conf samt /etc/mysql/my.cnf. Jag gissar att ni kör apache2 prefork och eftersom ni kör fcgi på php kan ni köra worker om ni inte redan gör det.