Moneybookers är att föredra framför Paypal, då deras provision alltid är lägre än med paypal. Båda har enkla apier så det kan vara en ide att implementera båda, då har man en backup ifall något skulle strula.
Rör det sig om stor omsättning så kanske bank och kortinlösen är att rekommendera. Du kan läsa mer om det på
http://www.ehandel.se/kortbetalning/