Nu är problemet löst. Undersökte filerna som genererade dessa meddelanden lite mer noggrant och de nyttjade ett framework som låg i en annan php-fil för vissa funktioner. Så fort jag ström error_reporting i den filen försvann alla meddelanden.
Frustrerande när det är "fel filer" som kastar ur sig felmeddelanden
Anropen till framework filen var hundratals rader bort ifrån det rapporterade felet.
Tack för alla tips!