Ah, table locks tänkte jag inte på.
Hur är loaden på databasservern?
Om loaden inte är hög där heller kan du börja med att kolla efter locks som beskrevs ovan. Ser du inte massa locks där är det förmodligen något med apache-konfigurationen.
Med mod_status kan du se status på worker-processerna för att felsöka.
http://httpd.apache.org/docs/2.0/mod/mod_status.html