Av vilken orsak vill du att filen endast skall kunna exekveras en gång?
Vanligtvis är sådana metoder och andra koperingsskydd värdekassa, då det enda de åstadkommer är att göra allt över nio tusen gånger krångligare för legitima kunder.
Angående skriva till registret eller skräpa ned filsystemet med skräpfiler kan man alltid sandboxa applikationen eller ta bort dess skrivrättigheter, eller bara ta bort filerna.
En nyckel som kontrolleras via Internet går man runt genom att antingen spoofa DNS och sätta upp en egen kontrolleringsserver eller helt enkelt modifiera binärkoden.
Personligen tycker jag att du bör satsa på
något alternativ 