Dropbox kräver att du lägger de filer du vill synka i dropbox-mappen. Dessa filer finns sedan både på hårddisken och på Dropbox servern. Ett alternativ (om man inte använder linux) är SugarSync.com som fungerar på samma sätt men där man själv kan ange vilka mappar som ska synkas och därmed kan ha kvar sitt mappsystem som man vill. (Jämförelse
http://www.sugarsync.com/sync_comparison.html)