[Björklund]

Slå på slow-query loggen och se vad som är långsamt.
Att gå dela webb och mysql bör gå snabbare, men kan också gå långsammare om man har dåliga frågor (som skickar mycket data över nätet).

Om det bara är CPU du behöver köp mer processor cores.
Hur det med diskprestandan?

Vad säger:

dd if=/dev/zero of=/root/test bs=1M count=1000

Edit: Är det bara 7.6% använt av MySQL?
Hur mycket "load" har du totalt?

Det är inte så att Apache inte släpper in fler användare?
Slå på mod_status och kolla.