Använder Nusphere phpED för det du talar om.
Mycket enklare än att joxa med kataloger och filer
http://www.nusphere.com/products/index.htm
Även stöd för versionshantering och annat som är mycket trevligt för att undvika misstag där man sabbar andras arbete.
För allt utom möjligen bildhantering är det enligt mig ett utmärkt alternativ.