Är det en publik applikation eller en intern?
Om den är publik skulle jag tveka att använda Silverlight då det fortfarande är många som kommer behöva installera pluggen. Runt 50% av användare har Silverlight 4 installerat, och att ha en applikation som är otillgänglig för hälften av besökare är knappast tillfredsställande:
http://www.riastats.com/
MS har sponsrat vissa stora sidor för att få dem att använda Silverlight, men annars är det rätt tunt med seriös användning på nätet just p.g.a. den usla tillgängligheten.
Hur komplex är applikationen?
Är det en förhållandevis enkel applikation går väl JS an, men jag skulle inte vilja koda tunga applikationer i JS då det saknar såpass mycket av den funktionalitet man kan förvänta sig av ett modernt språk. Ingen vettig människa föredrar väl att koda i JS istället för C# om man kan välja?
Hur prestandakrävande är applikationen?
Silverlight har bättre prestanda än JS.
För komplexa publika applikationer som kräver god prestanda skulle jag dock varken välja JS eller Silverlight. Flash har ett gediget skriptspråk, bra utvecklingsverktyg, utmärkt prestanda samt ger överlägsen tillgänglighet.
Eftersom du utelämnade det som alternativ i din frågeställning låter det dock som ni inte har utvecklare som är bekanta med Flash, vilket självfallet gör att det blir mindre intressant som alternativ.