Ändrade du något i din upload.php för att få det att fungera?
Jag hittade följande post som bekräftade att det var fler förutom jag som hade problem med att få det att fungera:
http://www.plupload.com/punbb/viewtopic.php?id=122
Jag testade att byta $targetDir mot den som fanns i tråden.
Det gjorde att det hela fungerade bättre och någon sorts fil hamnar i mappen uploads men det är en temp fil. p159b5g2051o29bes17h9ac1vs81.tmp
Dock så får jag upp samma felmeddelade när jag enbart kör upload.php men det kanske alla får?