I vilket steg har du alla radbryt och mellanslag som du vill ha bort, förstod inte riktigt.
Känns lite onödigt först ha en xml, som du gör om till array, kan du inte jobba direkt med dom så är det bara importera in filen och köra med objekt.
Du skapar dom från sträng med detta:
http://www.php.net/manual/en/domdocument.loadxml.php