Om du med samma "konto" menar att de ligger i olika underkataloger till samma domän, d v s:
www.doman.se/shop-a
www.doman.se/shop-b
www.doman.se/shop-c
Så är ett tips ur SEO synpunkt att registrera olika domäner för respektive shop. Google tycker att "startsidan" direkt under
www.doman.se är den viktigaste på siten, vilket innebär att den ser respektive shop som under-sidor på din site och därmed mindre viktiga.
När det gäller att hosta flera domäner och länka mellan dem på samma IP-adress så har det diskuterats flitigt där en del menar att det påverkar dina siters rank negativt om de ligger bakom samma IP-adress och att du samtidigt länkar mellan dina siter.
Jag är dock skeptisk till att det skulle ha någon större betydelse. IP-adresser är ju en bristvara och webhotellen har de senaste 10-15 åren tillämpat virtual hosting, d v s att servern har 1 IP-adress men kan husera många domäner bakom den.
Om jag inte missminner mig är det till och med en rekommendation från RIPE (som administrerar IP-blocken för europa) att man ska använda virtual hosts och vill man som hosting provider inte använda sig av det får man snällt med mössan i hand presentera godtagbara skäl till varför. Därför är jag skeptisk till att Google skulle straffa en sån teknik negativt.