Jag kör UTF-8 på alla webbplatser jag utvecklar.
För att kunna hantera den här typen av problem så använder jag en samling funktioner som finns att ladda ner här:
http://sourceforge.net/projects/phputf8/
Om du inkluderar detta bibliotek som standard i din kod så har du tillgång till alternativ till alla funktioner som hanterar strängar och teckenlängder.
T.ex:
substr -> utf8_substr
strpos -> utf8_strpos
strlen -> utf8_strlen
etc.
Helt ovärderligt för mig i alla fall!