Bästa backupen jag testat, och gratis:
http://backuppc.sourceforge.net/
Det är inte så säkert att använda ett backupsystem där din servern laddar upp till backupservern. Om servern blir hackad finns det en risk att dom även raderar backupfilerna, vilket ett flertal webbplatser fått erfara. Bättre att göra tvärtom, dvs. backupservern loggar in mot din server och hämtar det som ska backas upp.
BackupPC fungerar på detta sätt, via rsync och SSH.