Själva forumet ligger ju i databasen, du skall kunna skriva över alla filerna utan problem.
För säkerhets skull kan du ju ta en kopia på alla mappar innan du skriver över, så att du kan återställa.
Det finns även ett jättebra forum för support om du är betalande kund hos vbulletin, du hittar det på
http://www.vbulletin.com