Problemet kan både ligga på din sajt (de kommer in via ett script, kanske ett du skapat eller något de lyckats ladda upp på ett eller annat sätt) eller på din dator (spyware som kollar dina ftp-uppgifter, möjligtvis att de filtrerar på t ex surftown osv då de vet att det är ett webbhotell).
Har du någon annan dator du kan använda, samt byta lösenord till ftp-servern och du därefter kan göra dina ändringar ifred så är det förmodligen bara spyware på din dator.
I annat fall kan det mycket väl vara båda två.
I tråden
http://www.wn.se/t1038077-15-2.html ligger lite tips från praktiskt erfarenhet i sista inlägget. Får du tag i något antivirus som lyckas tala om vad programvaran heter kan du nog hitta bra instruktioner för att bli av med det genom Google annars.