Det beror på hur många mailkonton det är. Är det en handfull så skulle jag göra som du sa. Kopiera ner lokalt. Eller kanske till och med ha både nya och gamla konton uppsatt samtidigt och kopiera direkt.
Om det rör sig om väldigt många konton så finns det verktyg som man kan köra i batchjobb.
http://home.arcor.de/armin.diehl/imapcopy/imapcopy.html
Jag har flyttat några miljoner konton med liknande verktyg som imapcopy.