[Jonas]

Hur körs det? Som Apache modul, CGI eller som CLI script?

CLI är mer eller mindre känt att vara en instabil variant.

Lägg in breaks i scriptet?
Anpassa scriptet så att den inte gör om arbetet när det kraschar utan fortsätter där det slutade. Kan vara att scriptet får något oväntat svar?

Hur hämtar du indata? Från en lokal fil? Från en annan server?

Lite mer info så sätt kan behövas.