Om du använder dig av något JavaScript ramverk som t.ex mootools, prototype, JQuery m.m så brukar det finnas fina s.k "DOM ready" funktioner, dvs du kan ha ett script i headern som körs först då resten av dokumentets objekt har laddat färdigt.
edit:
exempel:
http://www.learningjquery.com/2006/0...document-ready