Det finns bara en teckenkodning att rekommendera: utf8. Den räcker för alla teckenbehov nu och i framtiden.
Se till att du sätter teckenkodningen som standard för hela databasen:
CREATE/ALTER DATABASE db_name CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_swedish_ci;
Och att du deklarerar att den skall användas i kommunikationen med MySQL:
SET NAMES utf8;
(Sedan bör du förstås genomgående använda utf-8 på dina websidor)
Läs:
http://www.mysql.se/doc/refman/5.1/en/charset.html