[Mortekai]

Det låter som ditt problem är relaterat till bytet från suexec till mod_php...
Tidigare hade dina filer ditt id som användare (ditt id/ditt id) och nu när dom bytt till mod_php så ska alla filer köras som nobody (nobody/nobody).

Be dom kontrollera rättigheterna och korrigera till nobody om det inte är gjort för du ska kunna hantera dina filer oavsett om det är suexec eller mod_php.

Själv förstår jag inte vitsen med att byta till mod_php eftersom säkerheten blir sämre...men, men...