Jag brukar ibland köra ' SHOW PROCESSLIST;' för att se vilka förfrågningar som tar lång tid (se under Time).
Alternativt så brukar jag köra EXPLAIN för de SELECT satserjag kör.
Läs
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/explain.html
"6.2.1. Optimizing Queries with EXPLAIN"