Funderade själv över detta för inte så länge sen. Hittade då detta när jag sökte efter svar:
http://bobfield.blogspot.com/2006/03...on-tables.html
http://forums.mysql.com/read.php?125...7451#msg-87451
http://forums.mysql.com/read.php?125...4239#msg-84239
http://forums.mysql.com/read.php?125...788#msg-111788
Allt pekade åt att jag skulle köra med en uppsättning tabeller, så jag gjorde ett litet test där jag körde lite SQL-frågor mot en databas med 1 miljon, 10 miljoner och 50 miljoner rader. Visade sig att med lite tweaks så fungerade det riktigt bra.
Mitt tips är att du sätter upp en uppsättning tabeller och kör ett par test frågor efter att du fyllt den med massa junk-data. Tar inte speciellt lång tid att genomföra och du får svar på om det fungerar eller inte.