[Systementor]

Testa att bara kopiera filerna från server a till server b och starta om MySQL tjänsten på server b. Jag har själv gjort det vid ett tillfälle och otroligt nog så känner MySQL av att det kommit in nya kataloger (dvs databaser) i databiblioteket och börjar använda den.
Jag har endast testat detta från Win MySQL4.x till en Win MySQL5.x, men eftersom MySQL verkar ha en väldigt enkel metadatahantering av databaser (=katalog på hårdisken) så är det nog värt ett försök för dig också.

Edit ser att du provat detta - men kanske glömde du omstart av tjänsten ?