För att omvandla diverse format till .flv kan du använda ffmpeg för själva omvandlingen och FLVTool2 för att lägga in metadata.
Kolla in
http://www.phpclasses.org/browse/package/3747.html
Det är en PHP klass för att omvandla video och den kommer med en .txt som ger lite info om vad du måste installera och hur.
Flash 8 kommer med en media spelare som är enkel att använda, det enda kruxet är att skicka in url till din videofil.
Hur du bäst gör det beror lite på hur din sida är tänkt att vara uppbyggd.
Du kan skicka den med hälp av FlashVars då du bäddar in spelaren, säga åt flash att spela upp en viss fil med hälp av JS eller hantera navigation av filer internt i flash.