[oderland]

det låter som servern är hackad snarare. Det finns en mångd scripter som kan radera just index.* filer i en filstruktur pga att de filerna är så vanliga OCH viktiga.
Kolla rättigheter på filerna så de inte ägs av "webb server user" och att mapparna har korrekta rättigheter. Kontrollera så inga gamla versioner av cms/bb finns installerade på det kontot.

Lycka till