En snygg lösning som du kan använda är tex den som på
http://www.seobook.com/archives/001370.shtml i asclick.js. Du hookar onload med en funktion som lägger till lite grejer på _alla_ dina länkar. Då kan du enkelt lägga till en funktion som tex anropar via ajax eller liknande en sida på din server med en parameter som är = a.href-värdet (då kan du tracka vilka länkar som klickas, samt vilket ip som gjorde det, kanske lite cookies och annat gull).
Titta på asclick.js, det borde förklara det mesta för dig.