[iXam]

Slå ihop värderna per dag och använd dessa ihopslagningar i uträkningarna istället för varje enskillda element?
Du ska nog INTE sätta index på ja/nej-fält då det kan gå långsammare men om du känner dig experimentsugen så kan du använda MySQL 5.1.x's tabellpartitionering för att utesluta rader som inte är intressanta ur datamängden.