Att ha en VPS är som att ha en en server. Det villsäga att du administerar den helt och hållet.
Handlar det om Windows så kommer du få en RDP connection till servern där du kan göra vad du vill.
Du delar också den virtuela servern med andra på en master server. Det är inte det samma som att du kan komma åt deras information eller dom komma åt din, utan bara att ni använder samma CPU och Ram minne och allt vad det har att göra med.
Kontrollpanelen brukar man kunna använda till för att administerar DNS/Mail omstarter och lite sådana saker, statistik för din dator och lite gott och blandat. Beror lite på vilken panel som följer med i paketet.
Från grunden kan MySQL vara installerat, annars är det inte svårare än att du ansluter till den och installerar det du vill ha på den. Se det som din egen dator i en serverhall
Hoppas det förklarar lite, och har jag nått fel så får någon rätta mig.