[Jonas]

Dom 3 största filsystemen i Linux har ett max antal poster i varje katalog (~32000st) så om du har fler det antalet poster så får du börja dela upp filerna.

Själv kör jag med:
/1/1 -> 9999/filnamn
/10000/10000 -> 19999/filnamn
/20000/20000 -> 29999/filnamn
osv

Tar sedan ett tag att fylla upp den strukturen.

Jag har inte kunnat läsa till mig en maxgräns på NTFS iaf. Så om du kör Windows så ligger du nog på säkra sidan iaf.