Låter som du lyckats åkalla Quirksmode, vilket är då en inkorrekt doctype kastar in webbläsarna i Quirksmode, eller åtminstone vissa av dem. Resultatet blir att de tolkar CSS och HTML efter sin egen "standard". I IEs fall i total motsats till W3Cs standard.
Bästa sättet, enligt mig, att skriva IE-specifik CSS är Conditional Comments:
Kod:
<!--[if lt IE 7]>
<link media="screen, projection" rel="stylesheet" href="ie.css" type="text/css">
<![endif]-->
Inkludera det i Head och så skriver du bara all CSS, specifikt för IE, i ett eget stylesheet. I det här fallet ie.css.
Det andra alterantivet är CSS-hacks, men eftersom CSS-hacks inte är framåtkompatibla, de vanligare som finns: Star hack och underscore framför element-namnet skall t ex åtgärdas i IE7. Så Conditional Comment är rätt väg. Tro mig.
För lite mer om det fenomen jag misstänker att du stött på:
http://www.google.se/search?hl=sv&q=...S%C3%B6k&meta=
Ett annat sätt är att helt enkelt alltid hålla sig till en strict-doctype, i regel så slipper man quirks-mode då.