[iXam]

Visa oss gärna my.cnf.
Slå på loggning av slöa querys och kör sen explain på dessa, kanske är icke optimala eller ickeexisterande index (trots välkänt system).
Jag har märkt att om apaches logg blir över 2GB stor så kan saker och ting bli slött.
Om du har STORA tabeller kanske dessa har blivit fragmenterade. En "optimize table tablename" städar bort rader som ligger i kläm samt i bästa fall defragmenterar tabellen (förutsatt hur filsystemet ser ut).
Om du inte är en uppgraderingsgalning så kanske du har gamla versioner och välkända buggar som gör att saker går långsamt eller inte körs optimalt.
Om du har kompilerat saker själv kanske du inte har kört "strip" på binärerna och därmed tagit bort debuggningsdata som sitter och tar minne och prestanda.

Om du går in i databasen när det är trögt och kör "show full processlist" får du en lista på de processer/querys som körs och hur länge dom körts.
Om det är en massa som är låsta så har du en query som tar tid och köar upp de andra. Den kanske kan skrivas om och göras effektivare, antingen med index eller dubbellagring av data (ja, gud förbjude).

In worst case så får du anlita någon som hjälper dig genom att logga in på systemet och se över det. Jag kan göra det åt dig gratis men inte föräns om typ. två veckor då jag åker till Turkiet på onsdag.