PHP och MySQL för hela slanten då.
En sak som slår mig direkt är att nästan hälften av minnet verkar vara oanvänt. Ge MySQL mer minne att styra och ställa med (utan att gå till överdrift). Utöver det kan det vara värt att testa att aktivera MySQLs query-cache om den inte redan är igång. Den är inte en optimal lösning men kan räcka långt ibland om databasen har det svettigt.
Är någon PHP-accelerator installerad? Med så pass många PHP-script i farten så är en sån nästan obligatorisk. eAccelerator och APC är de enda som (imo) är värda att nämna i sammanhanget. Själv använder jag eAccelerator och det gör en enorm skillnad.
Utöver de två sakerna så kan det eventuellt vara värt att kompilera Apache, MySQL och PHP mer optimalt för ens hårdvara om man vill pressa ut de sista procenten ur hårdvaran, men det är kanske överkurs.
